全运会期间的空气质量保障问题一直被各方广泛关注。全运会期间，济南市将采取机动车分时段、单双号限行等措施，确保全运会期间环境空气良好率达到100%，2009年全年环境空气良好率达85%以上。
强化工业污染防治，也是保障环境质量的重要一环。济南市将完成燃煤锅炉的脱硫改造工程，1台52平方米烧结机的烟气脱硫工程；3台35吨和1台20吨燃煤锅炉脱硫改造工程。明年4月底前，完成6吨及以下燃煤锅炉淘汰任务；6月底前，完成立窑生产线的淘汰工作。全运会举办期间，全市将重点加强对工业废气污染控制措施，对冶金、电力、化工、水泥的“高耗能、高污染”行业重点排污企业实施限产限排或停产。
济南市还将加强自动监测设施建设。在确保现有15个空气自动监测点和66套烟气自动在线监控系统正常运行的基础上，计划增设2台环境空气质量流动监测车，对全运会场馆区环境空气质量进行连续流动监测；增设2套交通干线机动车尾气排放遥感监测系统，实施对行驶机动车尾气排放的自动监测。
